振動ライブラリーの使い方

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2005.1.14

振動ライブラリーの使い方

試しに、ラジカルとしてアクリル酸メチル、モノマーとして塩化ビニルを選んでSearchボタンを押してみてください。その遷移状態の構造をデータベースから探してきて（AM-VC.arcというテキストファイル）読み込みテキストエリアに書き出します。ファイルの形式（XYZ座標系か内部座標系か）は自動で判断しチェックボックスをON-OFFします。もし自分独自の分子構造をEditしたい場合にはラジカルもモノマーも選択せずにSearchしてください。このテキストエリアは空っぽになりますのでそこに独自データをペーストしてください。（その場合はXYZか内部座標かは自分で選択してください。）

そしてReadボタンを押すと分子として読み込みます。

こんな分子が現れるはずです。マウスのボタンを押しながら動かすと分子が回転します。分子を平行移動させるときにはコントロールキーを押しながら、拡大ー縮小はシフトキーを押しながら、Z軸に関して回転させるときにはコントロールとシフトを押しながらマウスをドラッグします。

プルダウンメニューでBall&Stickを選択するとこんな風に描画してくれます。ただしこのモードを選択しても動かす時や分子に操作を加える時にはWireモデルになります。

MainメニューからEdit Atom Typeを選択します。ここではFを選んで塩素原子のところをマウスでクリックすると赤い丸が現れます。そしてOKボタンを押すと、

塩素がフッ素に変わります。そのときにフッ素と炭素の平均結合長の位置にフッ素の位置をずらします。これで簡単にアクリル酸メチルとフッ化ビニルの３次元遷移状態（に近い）構造が得られました。

mainメニューからBuild Molを選びます。これは置換基を取り替えるコマンドです。何をつけるかを先に選び分子中の残す分子の原子を先に選び、切り離す置換基の原子を次ぎに選びます。

SP3をつけSP2をつけ、SPをつけてからSP3をつけるとこのような分子ができます。

再び原子のタイプを酸素に変更すると、

このような分子ができます。

最後にmain メニューからEdit Atom Bondを選んでmake bondします。

さらに結合を消したり、原子を消したりも簡単にできます。このやり方では原子の価数を下げるのは簡単にできますが価数をあげるのは難しいので分子を構築する際は置換基のつける順番を良く考えてお使いください。

原子の種類を変えるときの注意。原子の種類を変えるときにはその新しい原子の標準結合長を使って残りの部分を動かします。この際遷移状態では多くがそうですがラジカルとモノマーの間に結合が無いためどちらか一方の分子は動かないという現象が出てしまいます。ご面倒でも分子をEditする際はラジカルとモノマーの間に結合を作ってください。