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Last Update

27-May-2017

物性化学:Pirika Light の使い方

2009.09.15

非常勤講師:山本博志 講義補助資料

 

PirikaLightをクリックすると別画面でプログラムが走る。

重原子数8、酸素数2、窒素数1までの化合物の、沸点、臨界定数、融点、SP値、アントワン定数を構造から推算します。

(画面はHSP Lightのものですが、使い方は同じです。)

Pirika Lightのページに行くと(IEを使っている場合にはブロックされているコンテンツを許可してください)上の画面が現れます。見た目はブラウザーによって異なります。ここで、Smilesの分子式を入力する。Smilesの分子式についての説明はインターネットを探してみてください。

Light版は、重原子は8個まで、使える原子はC,O,Nの3種類のみが使える。ここでは例えばCCCOCとメチルプロピルエーテルのSmiles式を一番上のテキストフィールドに入力し、Convertボタンを押す。すると自動的にペインがSmiles Viewerに切り替わり、入力したSmilesの分子構造が(水素原子を除いた形で)描かれる。重原子が8個では分子が小さいので大丈夫だが、分子が大きく環を持つ場合、原子が重なってしまうことがある。そのような時は原子の上でマウスの左ボタンを押しっぱなしにしてドラッグすると、押された原子だけが動く。分子がちゃんと見えたらStopボタンを押す。(見栄えは計算には関係しないので、必要なければSmiles viewer on のチェックボタンを外す。)

Stopボタンを押すと、Snap to Draw ボタンが現れる。これを押すと次画面に示すように、ペインがDrawに切り替わり、Draw画面で分子を描いたのと同等になる。

SmilesからConvertしても、Drawで描いても、結果はたちどころに解析され、Y-MBのテキストエリアにはどんな原子団が何個入っているかの情報が現れます。このY-MBはハンセンの溶解度パラメータを計算する公式の分割法です。そして正しく分割されると分子の物性値が推算されます。

ツールで線を選び、原子をCを選び、画面上でC2の部分にマウスを合わせると、赤い○がC2の上に現れます。そこでマウスの左ボタンを押して、押したままぐりぐりとドラッグします。そしてマウスを放すとC5が現れ、原子団もプロピルから2−ブチルへ変わり、計算結果もそれに合わせて変わります。Smilesの構造式もそれに合わせて変わります。分子の描き方としては、何も無い所にマウスボタンを押し、既にある原子の上(上にくると赤丸が現れる)で離すでも、マウスを押して同じ場所で離すと原子が一つだけ描かれるので、それと他の分子の原子とを結合させる事もできます。

消しゴムツールを選択して、原子の上に持ってくると赤丸が現れます。そこでマウスを押せばその原子は消去されます。

消しゴムツールは結合の真ん中に持ってくると両端の原子の上に赤丸が現れます。そこでマウスを押せば結合が消去されます。逆に2重結合、3重結合を作りたい場合には、一つの原子の上(赤丸が出たら)マウスを押して、ドラッグして他の原子の上にマウスを合わせ(また赤丸が出たら)マウスを放します。すると2重結合が描かれます。

次に酸素原子を選び、C4炭素原子の上で押してすぐ離します。するとその炭素は酸素に置き換わり、計算結果も置き換わります。

逆に元素を選んでおいて、原子の上でマウスを押し、押したままドラッグをすると線が現れ、マウスを放すと離した位置に新しい元素が描かれます。

十字ツールを選択すると、分子を動かすことができます。

十字ツールを選択して、原子の上でマウスを押すと、その原子だけを動かすことができます。

入力としてMolファイルも使えます。原子の数の行から結合の最後までを入力してConvertしてください。

ちゃんとコンバートできれば後はDrawと同じです。

以上で簡単な説明を終わります。
習うより慣れろで、色々描いて、計算してみる事をお勧めします。

(分子描画の機能はHSPiPには搭載されていません。)

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