HSPiPプラス

2027.7.23

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HSPiPプラス

HSPiPプラス

このソフトには、2025年HSPiP ver.6.2を作った際に、私（pirika.com 社CEO, 山本博志)が準備したが、Abbott教授の拒否権で搭載されなかった機能を搭載している。

[1. ライセンスファイルの入手]

pirikaが独自に提供するソフトには派遣社員のチャピエモン(オープンAIのChatGPT)が作ってくれたピリカ・ライセンス・マネジメント・システムが組み込まれている。HSP関連の特例が適用されるライセンスが必要になる。

[2. 機能]

  • HSPiPはデータ作成が超めんどくさい。
    CASなりで検索してメインテーブルに移してScoreを手打ちして。Scoreが実数なら気が狂う。対策：エクセルからコピペができるようにする。タブ区切りのデータを列区切りで配置する。JSpreadsheetのデータはコピーしてExcelにペーストできる。
  • 特定の列だけ、行だけをコピペできる
    SMILESの列だけ、CASの列だけを所定の位置にペーストできる。ペーストされたSMILESの文字列に対して、YMBを使い物性推算することができる。推算結果はシートの所定の所に入力される。CASが入力された場合、データベースを検索しCAS番号が見つかればDBの値でテーブルを埋める。CASがあってもDB値は空欄の場合もある。その時はSMILESの文字列からYMBで推算を行い欠損データを埋める。化合物名からネットを検索しCASとSMILESの列を埋める機能も開発済みだが、ネットアクセスの機能の是非はわかれている。
  • YMB, YPBの修正、機能強化
    HSPiPではダミー原子[X]の取り扱いにエラーがある。YPB（ポリマー用物性推算）では[X]は繰り返しユニットセルの両端に[X]をつける。YMBは[X]があった場合には不完全な分子のまま計算を強行する。例えば[Si]OというSMILESはO(酸素）に自動的にHをつけて解釈してしまう。[Si]O[X]とすると、Hを補わずにSiに結合するエーテル酸素と解釈する。エーテル酸素ならその先にCH3なり何かが付加しなければ分子的にはおかしい。しかしシラノールの表面修飾基を計算する時には必須になる。HSPiPでは[X]があると自動的にYPBで計算してしまうので意図しない答えになる。さらに細かい機能強化はHSPiPプラスに対してのみ行われる。
  • YPBでHSPiP拡張フォーマットを作成
    ポリマー物性を推算するYPBの結果を使って拡張HSPiPフォーマットを作成する。例えばPolymer-SMILESを列に入れてYPBで計算しテーブルを作成する。酸素のポリマー中透過速度をScoreに入れれば直ぐに酸素のHSPを計算することができる。
  • δHD/Aの扱い方が悪すぎる。
    値を/で区切る。エクセルではセルが数値として扱えず計算に使えない。δHD/Aを２つの列に分けたものを拡張HSPiPフォーマットと呼ぶ。この拡張HSPiPフォーマットはHSPiPで読み込むことのできるhsdxフォーマットに変換できる。
  • Sphere Viewer
    溶媒やポリマーのHSP値でテーブルが埋まっていると、そのHSP値を３次元空間にプロットする。HSPiPでは3Dしかサポートしないので、dH2=dHD2+dHA2に変換して４次元データを３次元で見ている。HSPiPプラスではδHD, δHAを軸をラジオボタンで切り替えて表示する。理解はしにくいが、多くの洞察を与える。HSPiPの表示では使う意味はほとんどない。
  • Sphere探索機能
    テーブルが完成されており、Scoreに0(貧溶媒), 1(良溶媒）か実数(大きいほど良溶媒）が入力されいる場合、ハンセンの溶解球(Sphere)を探索する。HSPiPでは４次元HSP[dD, dP, dHD, dHA]が扱えるのはClassic HansenとGenetic Algorithmだけだ。Data PointsとDouble Sphereでは4Dは使えない。また4Dの式で使えるのはBeerbowerタイプ(2*(dHD1-dHD2)*(dHA1-dHA2))だけでEuclid式( (dHD1-dHD2)2+(dHA1-dHA2)2 )は使えない。計算式自体は私が作ったものが搭載されているが、先生のポリシーでコールされない。HSPiPプラスでは計算できるものは全て計算する。（Data Pointsの時にはDouble Sphereは計算できない）また計算結果をSphere Viewerを使って確認できる。
  • 水素結合項の山本法分割値
    HSPiPに搭載の水素結合分割式はブレンステッドの酸塩基に基づく。プロトンを供与するものだけがdHDになる。ほとんどの化合物でdHDはゼロになる。そこで３Dから4D-HSPに変えてもほとんどの場合結果はかえって悪くなる。山本が新たに開発したyHAcid, yHBaseはその問題を解決するために設計したが、採用されなかった。HSPiPプラスではこれを試すことができる。YMBが吐き出したyHAcid, yHBaseの値とと入れ替えるだけだ。さらにルイスの酸塩基まで拡張したものはPirikaProに搭載されている。
  • QSAR関係
    非常に多くの点でHSPiPのQSAR機能には不満がある。山本の意図が伝わっていない。今と違って翻訳などないに等しかったし英語が伝わらなかったのかもしれない。QSAR機能に関しては、機械学習系のユーザーがクラッキングしようとしていることもあり、HSPiPプラスには搭載しない。

[3. 配布]

HSPiPプラスは、HSPiPで山本が作成した部分でありながら、先生の判断で使えないものをまとめたものだ。ところが現実的には、HSPiPを持っていなくてもHSPiPプラスを持っていれば大概のことはできてしまう。それはHSPiPの売り上げが減るということで、先生との関係上好ましくはない。当面はCLIライセンスを持つような大口ユーザー、付き合いのあるアカデミックユーザーに無償で提供し、問題抽出して修正したのち、HSPiPユーザーに限り販売することになるだろう。

「それは、何時か？」うーーん。HPをたまには見てもらうか、mixi2をフォローしてもらうか。

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