HSPiPプラス-YMB,YPB機能

2027.8.11

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HSPiPプラス

HSPiPプラス

このソフトには、2025年HSPiP ver.6.2を作った際に、私(pirika.com 社CEO, 山本博志)が準備したが、Abbott教授の拒否権で搭載されなかった機能を搭載している。
2026.8.6最初のバージョンがリリースされた。言葉で説明してもわかりにくい。動作のイメージを体験できる。

[1. YMB,YPB機能]

HSP関係のYMBやYPBのバージョンアップは余り頻繁には行わない。ユーザーが特許や論文で値を利用している場合があるからだ。それに対して様々な物性推算値に関しては頻繁にバージョンアップを行っている。QSARに使う時に非常に有用だからだ。HSPiPプラスにはQSARを入れない。HSPiPに搭載のQSAR機能は山本が作ったものである。しかし、Abbott先生がいじくって随分私が意図としたものでなくなっている。これについては本格的にて直しする。PirikaPro-QSARの形にするかもしれない。

[2. HSP関連のYMB,YPB機能アップデート]

山本が作った部分で、ver.6.2に搭載されていない大事な部分のアップデートを行う。特に問題なのはダミー原子[X]の取り扱いだ。[X]には2つの役割がある。第1の用途はポリマーの繰り返しユニットの末端に付ける。最低2つの[X]が必要になる。3つ以上になっても問題は無いようであるが、3次元架橋がかかるとポリマーはゲル体になる。繰り返しユニットという概念は薄れるように思える。ポリマー・SMILESに[X]がある場合には、[X]から[X]へと辿ると経路中の原子は主鎖の原子になる。側鎖の原子は辿るうちに行き止まりになる。そして主鎖の原子と側鎖の原子ごとに原子団を割り出す。pirikaのYPB(ポリマー物性推算)式はポリマー中の主鎖、側鎖ごとにパラメータを割り振る。主鎖にあるエステル基と側鎖にあるエステル基は性質が違うので合理的な解釈だ。この主鎖にある原子、側鎖にある原子からどのような原子団があるかを判定する時に、低分子用のYMBを流用する。そこでAbbott先生は勘違いして、YMBとYPBを完全に混ぜてしまった。[X]を持つものはポリマー用でYPBで計算、[X]を持たないものは低分子用でYMBで計算するように書き換えてしまった。
[X]にはもう一つの役割がある。分子を切断して切断点に[X]を付加する。例えば酢酸エチルがあるとする。SMILESはCC(=O)OCCとなる。エステルの先で切断すると、CC(=O)OとCCになる。SMILESの構造式では水素は省略して良いので、CC(=O)O[H]と[H]が補われれ、酢酸と[H]CCになる。エステルの中央で切断されると、CC(=O)[H]アルデヒドと[H]OCCアルコールになる。これをCC(=O)[X]と[X]OCCとすると[X]はCであるけど個数は0と数える。メチル基(CH3)とケトン(C=O), エーテル(O)が存在すると数える。正確にはラジカルになってしまって分子では無いが分子が完成していなくても物性は計算できる。どのような時に役に立つかというとR-Si(OCH3)3のようなシランカップリング剤を計算する場合だ。一旦加水分解してシラノールになり、さらに脱水縮合してエーテルになる。無機物の表面にいるR-SiをYMBで計算する時に[X]が複数あるが、YMBで計算したい。R-Si-(O-[X])3とすれば、Siに結合したエーテルが3つあると解釈してYMBを計算する。[X]をつけないと。R-Si-(O)3 Siに結合するOHが3つあると解釈する。表面処理剤の場合R-Si-([X])3 とエーテル酸素もいらないと解釈した方がいい場合もある。今のHSPiPでは[X]をつければYPBでポリマーとして計算してしまう。HSPiPプラス、PirikaProではYMBとYPBを分離したのでポリマーとして計算したい場合には[X]を2つ以上つけてYPBボタンを押す。YMBで計算したい場合には[X]が入っていてもYMBボタンを押す。それで正しい計算結果が得られる。界面活性剤のような電荷を持つ部分を切り離して解釈する時にも有用だ。

[3. ver. 7はいつでるか?]

YMBのHSP関連のメジャーアップデートは何時出るだろうか?
Abbott先生は酸塩基は現状のブレンステッドのもので十分という立場なので、yHAcid/yHBase, yED/yEAなどがHSPiPに載ることはないだろう。最近有機物の水への溶解性については最新版ができあがった。pKaや誘電率の推算に関しては以前のバージョンには載っていないので新しく付け加わっても問題ないかもしれない。こちらの力が尽きる前にHSPiPプラスやPirikaProで徐々に提供を進める。


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