塩野義のゾコーバ緊急承認。他の薬とのハンセン溶解度パラメータの関係

コロナ用経口薬のハンセン溶解度パラメータ(HSP)は分子を3つに分けて解釈すると良いという事を書いてきた。分子を分割して部分ごとのHSPを求めるやり方は、アバター・チュートリアルで説明したからもうお分かりだろう。塩野義のエンシトレルビル(商品名:ゾコーバ)も同じように計算してみた。

それでは、塩野義のエンシトレルビルのHSPとメルクのモルヌピラビルやファイザーのパキロビッドパック(ニルマトレルビル/リトナビルの混合薬)のHSPとどんな関係にあるのだろうか?

分子を分割して、部分ごとのSmilesの構造式を作成する。
HSPiPのY-MBを使って各SMILESのHSPを計算すれば、1分でこんなテーブルを手に入れることができる。

No.SolventδDδPδHColorMVolSMILES
1モルヌピラビル189.114.31246.7CC(C)C(=O)OCC2OC(n1ccc(=NO)[nH]c1=O)C(O)C2O
2Mo-L15.65.16.11115.9COC(=O)C(C)C
3Mo-C16.47.613.51140CC1OC(C)C(O)C1O
4Mo-R2010.116.11102.4Cn1ccc(=NO)[nH]c1=O
5ニルマトレルビル1819.15.82379.7CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC3C(C1C(=O)NC(C#N)CC2CCNC2=O)C3(C)C
6PF-L15.59.15.62163.8CC(C)(C)CNC(=O)C(F)(F)F
7PF-C18.413.17.52183CNC(=O)C1C2C(CN1C(C)=O)C2(C)C
8PF-R1812.67.22139CC(C#N)CC1CCNC1=O
9リトナビル20104.54580.9CC(C)c4nc(CN(C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C[C@H](O)[C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)OCc3cncs3)cs4
10Ri-L19.28.79.94240.7C[C@H](O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)OCc2cncs2
11Ri-C18.210.27.44286.8CC(C)[C@H](NC(=O)N(C)C)C(=O)N[C@H](C)Cc1ccccc1
12Ri-R17.44.64.84142.9Cc1csc(C(C)C)n1
13Ensitrelvir(塩野義)20.710.63.46351.8Cn1cnc(CN2C(=O)N(Cc3cc(F)c(F)cc3F)C(=N\c3cc4cn(C)nc4cc3Cl)\NC2=O)n1
14En-L174.53.76118.4Cc1cc(F)c(F)cc1F
15En-C18.4135.96188CN=c2[nH]c(=O)n(Cc1ncn(C)n1)c(=O)n2C
16En-R19.45.84.26146.8Cc2cc1cn(C)nc1cc2Cl



薬をMaterials Informatics(MI)で扱いたいだけならこれで良いだろう。後はAIが考えてくれる。
しかし、人間が理解しようとすると、ちょっと厳しいかもしれない。
そこで、このデータをハンセン空間にプロットしてみる。ハンセン空間というのは、δD,δP,δHをX,Y,Z軸にプロットしたものだ。(δDのX軸だけ倍に広げてある。)

大きな球が4つ、小さな球が12個表示されているだろう。
赤い球はモルヌラビル
マゼンタの球はニルマトレルビル
水色の球はリトナビル
青い球は塩野義のエンシトレルビルを表している。

大きな球は分子全体のHSP,対応する色の小さな球は分子の左側(L)、真ん中(C)、右側(R)の構造部分のHSPを示している。

画面の中でマウスをクリックしたまま動かし(ドラッグし)て見やすい位置を探してみよう。球の中心あたりをクリックすると画面左上に部分の名称が現れる。
(Shiftキーを押したままドラッグすれば拡大・縮小する)

モルヌラビルは少し離れた位置にいる。
ファイザーのニルマトレルビル/リトナビル混合薬(パキロビッド)と塩野義のエンシトレルビルの位置関係を良く見てみよう。

塩野義のエンシトレルビル(青色)の大きな球はリトナビル(水色)の大きな球と同じような位置にいる。つまり両者の全体としてののHSPはほぼ同じになる。
また、塩野義のLとリトナビル-Rはほぼ同じHSPになっている。

塩野義のCはニルマトレルビル(マゼンタ)のC,Rとほぼ同じ位置にいる。

これらの事を考えると、ぜひ試して欲しいのは、
ファイザーのニルマトレルビルと塩野義のエンシトレルビルの混合薬だ

塩野義のRが何か役に立っているのか?わかったら面白い。

HSPiPでこのようなプロットを行う方法を模索している。
投票が増えたらアバター・チュートリアル化することも考えるかな。

今のプロットはSphereViewerというJavaScriptの自作ソフトだ。
pirikaの研究会のメンバーには使いかたを教えていたりする。そちらの方が先にチュートリアルになるかもしれない。

読んだ人のリアクション次第だ。
もちろん薬屋さんがネギ背負って来てくれればもっと良い。

HSPiPの開発を一緒にやっているAbbott教授が、日本語のブログを読んで、すぐにプログラムを修正してくれた。


ちょっとやり方を学んでみよう。

「薬屋さんがネギ背負って来てくれれば」の意味がわからず色々調べたようだ。
(Googleではカモネギが出てきて、相手を騙すこととあるようだ)

これが近いのかと聞いてきた。
“To cry with one eye like a donkey”(ロバのように片目で泣く)
“To cry crocodile tears”(ワニの涙を流すこと)

その意味は
“to pretend to be sad about something”(何かを悲しんでいるふりをすること)

ちょっと違う気がする。
ネギ(研究費)持って来てくれたら、美味しい鍋(研究成果)を食べるのに参加させてあげるって事で、騙そうって言う意味はない。ただし、鍋を囲めるのは一業種一社の早い者勝ちだけど。




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