2021.12.1
pirika.comで化学
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[1. 概要]
pirikaのスタートは物性推算と逆設計だ。
代替フロンの物性を構造のみから推算して、必要物性を満足する構造を逆設計する。それを可能にする情報化学系ソフトウエアーを開発する。代替フロンを利用するための化学工学を情報化学で処理する。高分子化学が入っているのは山本の大学時代からの化学のベースだからだ。山本はカルフォニア工科大学のGoddard教授の元に留学した。その時の計算機化学はその他の化学で扱う。
その後2008年からはハンセンの溶解度パラメータ(HSP)が大きな仕事になった。化学とは別にページを構築した。
[2. 化学全般]
2.1 情報化学
それを実現するツールとしては、多変量解析プログラム、ニューラル・ネットワーク法や遺伝的アルゴリズムが重要で、それらは情報化学のページに移動しました。
2.2 物性化学
その時の現実的な研究はともかく、Pirikaでは特にハロゲン系の化学に限らず、広い範囲の物性化学を扱います。 コモディティーの化学品で、全く新しい化合物が出てくる事は、そんなに多くは無いでしょう。
しかし、医薬品やスペシャリティー・ケミカルでは様々な官能基が組み合わさったり、混合物であったり複雑性が増していきます。
その時に”官能基の果たす意味” を問い直すためには、物性化学は大事な学問です。
2.3 高分子化学
私は元はと言えば、合成系の高分子屋です。
低分子は構造が決まれば、物性は全て決まるつまらない分野だとずーっと思っていました。
2つの矛盾する物性値を満足させるために、工夫する余地のあるポリマー分野は一番好きな分野です。
2.4 化学工学
研究室で作られたものが、市場に広まるためには、化学工学の力がどうしても必要です。
また、化学工学を行うためには、扱う材料の物性値が必要です。そこで、物性化学と化学工学は密接に関わり合っています。
2.5 その他の化学
今でこそ比重はさがっていますが、昔カルフォニア工科大学のゴダード教授のもとで分子軌道法、分子力学法、分子動力学法を学んだ事もあり、そうした計算機科学などをこちらでは取り扱います。
2.6 昔の化学
昔の発表の原稿
[3. これまでの大学での授業まとめ(MOOC)]
MOOC(Massive Open Online Course:世界中の大勢の人々が参加できるオンラインのオープン授業)を目指して。
これまで10年横浜国大で教えた内容をとりあえず羅列しています。
大学生から大学院生のレベルを想定しています。
MAGICIAN養成講座で、聴講する方の興味ある分野をサーベイするのに使い、その内容で話す時に授業で使ったテーブルをひきづり出して一緒に解析していきます。
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卒業研究のテーマが「機械学習による化学物質の皮膚感作性予測」になったのですが、何から手を付けたら良いのかわかりません。
とりあえずSMILES変換の方法は勉強したのですが、他に何をすればいいでしょうか。
アドバイスいただけると助かります。
“positive rate 予測 皮膚刺激”とネットで検索してみましょう。
一番先に、資生堂の上月さんの論文が現れると思います。
In silico 安全性予測システムの開発 皮膚刺激性予測モデルの開発
https://www.jstage.jst.go.jp/article/sccj/43/4/43_4_254/_pdf/-char/ja
上月さんがどのように予測したのかは、まずちゃんと理解しましょう。
その論文の化合物を使って、溶解度パラメータから予測したものが私のブログにあります。
https://www.pirika.com/wp/archives/date/2022/01/page/3
これもよく読んでおきましょう。
SMILESの構造式も載っているのでYMBで計算するのも良いですね。
機械学習を行うためには、このように、ターゲットのデータ(目的変数)とそれを説明する説明変数が必要になります。
上月さんは分子軌道計算の結果を使い、私は溶解度パラメータを使いました。
まずは、このくらいの小さなケースから始めるのが良いでしょう。
その後は、例えば、次のような書籍はYNUの図書館にありませんか?
Patch Testing, 4th ed.
– Test Concentrations & Vehicles for 4900 Chemicals
著者 : A.C.De Groot (ed.)
出版社 : ACDEGROOT PUBLISHNG
ISBN : 978-90-813233-4-5
出版年 : 2018年
山本
ご丁寧なアドバイスありがとうございます。調べてみます。
実際に機械学習させるとかになったら、どう進めていくか、山崎さんも含めて相談しましょう。
承知致しました。
講習会の日程調整について、ご連絡させていただきます。
よろしくお願いします。