2022.9.7改定(2010.3.20)
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HSP基礎トップページ > HSPiPのバージョンの差異をてんかん薬を例に
概要
YMB推算結果を、てんかん薬を例に説明する。
V3では窒素原子の取り扱いがより精密になり、誤認識することも減った。また、推算値の妥当性をHPLCのデータと比較することによって検証を行った。(2010年)
同じ化合物について、Ver.2021で計算した結果も付記する。
内容
HSPiPのバージョンの２から３の変更に伴い、官能基の定義が変更になり、もとの官能基数159が167に増強された。
最も大きな変更点は窒素のパラメータが拡充され、認識精度も向上したことだ。それに伴い、医薬品関係の計算結果がずいぶん良くなった。
さらにver.4からは官能基数は172になった。
例を示そう。下に示すのはてんかん薬に使われる化合物だ。
バージョンの違いによる、HSPの推算値を比べてみた。
テーブル
| dD(V3) | dD(V2) | dP(V3) | dP(V2) | dH(V3) | dH(V2) | Volume(V3) | Volume(V2) | ||||
| ethosuximide | 17.8 | 17.9 | 13.6 | 14.1 | 10.6 | 10.9 | 130.8 | 129.7 | |||
| primidone | 19.8 | 19.3 | 13.6 | 12.0 | 7.5 | 9.6 | 178.2 | 186.8 | |||
| sultiame | 20.6 | 20.2 | 19.3 | 16.1 | 10.7 | 10.6 | 193.2 | 208.9 | |||
| 5-(4-Hydroxyphenyl)-5-phenylhydantoin | 20.7 | 20.8 | 12.4 | 13.3 | 13.6 | 13.7 | 207.6 | 203.9 | |||
| phenobarbital | 19.9 | 20.2 | 16.4 | 14.3 | 10.4 | 10.0 | 181.3 | 183.4 | |||
| carbamazepine | 20.9 | 21.2 | 10.4 | 11.8 | 7.9 | 7.6 | 189.5 | 187.4 | |||
| phenytoin | 20.7 | 20.8 | 11.4 | 12.1 | 9.1 | 9.0 | 203.9 | 200.4 | |||
| Nitrazepam | 21.4 | 22.0 | 12.3 | 11.8 | 1.4 | 6.5 | 206.5 | 209.1 | |||
| Clonazepam | 21.4 | 22.0 | 12.9 | 12.8 | 1.8 | 6.3 | 218.9 | 221.8 | |||
| Valproic acid | 15.9 | 16.0 | 4.0 | 4.0 | 7.6 | 7.6 | 159.8 | 162.0 | |||
| Diazepam | 20.5 | 21.1 | 8.4 | 10.1 | 1.5 | 6.4 | 222.0 | 219.3 |
dDの値と分子体積はバージョンによる差は小さい。
しかし、dPとdHの値は結構変わってくる。
どちらの推算結果がより正しいのであろうか？
それを確かめるためにHPLCのデータと付きあわせた。
このHPLCのデータはODSのカラムを使って測定された。そこで、化合物のHSPとオクタデカンのHSP距離を計算し比較した。
Y-MBの2021で計算してプロットすると上図のようになった。
V3との大きな違いは、dH項であった。
V3のdH項の推算値は少し小さすぎるようである。
バージョン３で計算したのHSP距離を分子体積で割った値と、リテンション時間をプロットすると、上の図に示すようにきれいな相関が得られる。
No.2とNo.5は少しズレている。No.2が悪いのは、アミドが対称に入っているので，本来はｄP、ｄHの効果が打ち消されているのかもしれない。
Y-MBは原子団寄与法を使っているので、こうした対称の問題には弱い。
No.5の問題点は、Y-MBの中には=N-C=Oと定義されている原子団が無いことに由来する。
多分これは、アミドっぽい性質になるのだろうが、Y-MBはこれをアミドとしては認識しない。
他の分子のHSPは推算値がかなり正しいのではないかと考えられる。
Drag=回転, Drag+Shift キー=拡大、縮小, Drag+コマンドキーかAltキー=移動。
球をクリックすれば薬品の名前が現れる。
RTによって色分けしてみた。RTが短いものを赤い球、長いものを青い球、RTが増えるに連れ青みをふやしていった。
そして球の大きさは分子体積で表してある。緑の球はオクタデカンを表している。Valproic acidは当たり前だが変なところにある。
上の図は、バージョン２で計算したものだ。線を引こうにも、２本線が引けてしまい、どちらが正しいか判然としない。
このように、HPLCや実際の溶解度のデータから、パラメータの改訂、原子団の追加、削除は頻繁に行われる。
おかしなデータがあった場合にはぜひともフィードバックを頂きたい。
HPLCのRTを予測する、HTML5のプログラムはこちらにあります。
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