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概要
去年(2020.4.28)、COVID-19用の治療薬のハンセン溶解度パラメータ（HSP）の記事をアップしました。
1年以上経って、軽症用の経口治療薬がいくつか発表になったのでHSPを計算してみた。(Pirika Blogの内容の再掲だ。）
内容
新聞を見ていたら、コロナ軽症用、経口治療薬の話が出ていた。
昔のインフルエンザにもワクチンはワクチンとして、それとは別にタミフル、リレンザなどの薬がある。
そうした薬のHSP（ハンセン溶解度パラメータ）を計算してきた。
同じように、今回新たにわかった、コロナ軽症用、経口治療薬のHSPを計算してみよう。
HSPiPを持っている人が計算できるように、SMILESの構造式もつけておく。
モルヌピラビル(メルク）：CC(C)C(=O)OCC2OC(n1ccc(=NO)[nH]c1=O)C(O)C2O
AT-527（ロシュ）：CNc1nc(N)nc2c1NCN2C4OC(COP(=O)(NC(C)C(=O)OC(C)C)Oc3ccccc3)C(O)C4F
S-217622(塩野義製薬)：COc4cccc5[nH]c(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC1CCNC1=O)C(=O)c3nc2ccccc2s3)cc45
PF-07321332(ファイザー）：CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC3C(C1C(=O)NC(C#N)CC2CCNC2=O)C3(C)C
Baricitinib : CCS(=O)(=O)N4CC(n3cc(c1ncnc2[nH]ccc12)cn3)C4CC#N
最近思うのだが、こうした化合物の多くは構造を3つに分けて考えると良い気がしている。ハンセンの溶解度パラメータのコンセプトは、似たHSPのものは、似たHSPのところに溶けるだ。これらの薬はどんな所に溶けているのだろうか？
また、QSARをやるときには電子受容性(EA)や電子供与性(ED)も大事なので合わせて計算結果を載せておく。
ただし、実はまだ、このHSP計算用のパラメータは未公開（ver. 2019）だ。
このところ毎日、ver.2021を作成している。
段々飽きてきたので、ちょっと遊びで計算してみたものだ。
ver.2021では、分子が大きくなった時の補正が改善されている。
中分子、大分子や特定の官能基（例えば水酸基）を多く持つ化合物の計算値は圧倒的に良くなっている。
CLIライセンス・ユーザとかの限定ユーザーにはテスト用に使い始めてもらっている。
ワクチンの被験者のようなものだ。
今のところ、とても評価は高い。
もう少し、練り上げてリリースすることになるだろう。
オーバーオールで見ても、結構よく似たHSPになっているので面白い。
| name | dD19 | dP19 | dH19 | dHAcid16 | dHBase16 | ElectronDonor | ElectronAcceptor |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| モルヌピラビル | 18.86 | 9.27 | 13.49 | 8.49 | 19.67 | 15.6 | 21.3 |
| AT-527 | 20 | 10.69 | 10.35 | 6.26 | 16.57 | 32.2 | 24 |
| S-217622 | 20.07 | 13.2 | 9.84 | 6.84 | 10.17 | 30.5 | 27.2 |
| PF-07321332 | 18.24 | 12.67 | 7.68 | 5.66 | 7.04 | 30.5 | 27.2 |
| Baricitinib | 20.65 | 11.35 | 8.26 | 3.46 | 9.91 | 20.7 | 25.5 |
これだけ大きな分子になると、ver. 2021の効果がはっきり現れる。
| dD21 | dD21vdw | dD21fg | dP21 | dH21 | dHAcid21 | dHBase21 | ED21 | EA21 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 18.45 | 10.07 | 15.01 | 9.59 | 15.67 | 5.69 | 14.18 | 20.33 | 31.42 |
| 19.63 | 9.68 | 16.61 | 12.62 | 11.44 | 4.11 | 10.41 | 96.14 | 30.45 |
| 19.54 | 9.48 | 16.98 | 11.5 | 8.62 | 3.96 | 7.08 | 48.73 | 18.95 |
| 17.63 | 9.59 | 14.4 | 12.59 | 7.68 | 3.68 | 6.04 | 47.21 | 20.83 |
| 19.58 | 9.93 | 16.8 | 13.6 | 8.41 | 1.4 | 7.54 | 69.31 | 18.63 |
コロナのHSPと比べると、薬のdHが小さいのがちょっと気になる。
ブログに書いた記事の再掲だ。
ブログコロナウイルスのハンセン溶解度パラメータ
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